ミトコンドリア（英語: mitochondrion、複数形: mitochondria）は、
ほとんど全ての真核生物の細胞の中に存在する、細胞小器官の1つである。
ヤヌスグリーンによって青緑色に染色される。

ミトコンドリアは脂質二重層でできた外膜と内膜を有し、
膜には様々なタンパク質が存在する。
ミトコンドリアでは、高エネルギーの電子と酸素分子を利用して、ATPを合成する。
すなわち、ミトコンドリアは真核生物における好気呼吸の場である。
また、真核生物の細胞が有する核とは別に、
ミトコンドリア独自のミトコンドリアDNA（mtDNA）を内部に有し、
ある程度ながら自立的にミトコンドリアは細胞内で分裂して、増殖する。
このmtDNAは、ミトコンドリア内部だけに限らず、
真核生物の細胞全体の生命現象にも関与する。
さらに、細胞のアポトーシスにおいても、ミトコンドリアは重要な役割を担っている。

ヒトにおいては、肝臓、腎臓、筋肉、脳などの代謝の活発な細胞には
特に多くのミトコンドリアが存在し、細胞質の約40パーセントを占めている。
全身の平均では、1細胞中に300個から400個のミトコンドリアが存在し、
全身で体重の約1割を占めていると概算されている。